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分子对接概述
分子对接的一般原理
分子对接是将已知三维结构数据库中的分子逐一放在靶标分子的活性位点处。通过不断优化受体化合物的位置、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架，寻找受体小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，并预测其结合模式、亲和力和通过打分函数挑选出接近天然构象的与受体亲和力最佳的配体的一种理论模拟分子间作用的方法。
分子对接的种类主要包括：
(1)刚体对接：指在对接过程中，研究体系(受体和配体)的构象不发生变化。适合考察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。
(2)半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。
(3)柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化，所以计算耗费最大。
分子对接的互补性
影响复合物分子稳定性的主要因素是疏水作用和键合力大小，Audie等建立了一种新的经验自由能公式，该方法能够预测蛋白质键合力大小，准确率达到89%。而影响键合力的因素有作用位点空间位的互补、静电相互作用和氢键等，且溶解熵对稳定受体2配体复合物起着重要的作用，所以分子对接的过程主要包括分子间的空间互补和电学性质互补。空间互补是分子间发生相互作用的基础，能量互补是分子间保持稳定结合的基础。
